Советская власть, взявшая курс на борьбу с Церковью не оставляла Никольский погост в покое. Не прошла для него даром кампания по изъятию церковных ценностей 1922 года, а в 1925 году все имущество храма и его главная святыня были поставлены на учет в Ростовский государственный музей. Богоборцам очень не нравилось продолжающееся поклонение верующих Животворящему Кресту Господню. Поэтому был взят курс на закрытие храма. В первую очередь оказывалось давление на священнослужителей. В 1928 году был арестован отец Иоанн Добротин (погиб в лагерях в 1931 году).
В 1929 году, с образованием Ивановской Промышленной области, Никольский погост, который все чаще именуется в документах как погост «Иисусов Крест», был выведен из состава Ростовского района и включен в Ильинско-Хованский район ИПО. Это позволило общине верующих, которая хотя и сократилась до полутора тысяч, но отличалась особой ревностью по Бозе, заключить с властями новый договор.
В 1930-е годы верующие Никольского погоста являли собой пример стойкости веры и апологии Православия. Не страшась репрессий, они не боялись именовать себя христианами (сохранились списки, составляемые властями), организовывали многочисленные крестные ходы, продолжали поддерживать здание храма в исправном состоянии. Если по тем или иным причинам приход лишался священника (их сменилось за это время несколько), то община добивалась от властей разрешения подыскать нового.
В 1937 году были арестованы священник и регент. С этого момента советская власть начинает беспрецедентный нажим на верующих с одной единственной целью – закрыть храм и прекратить поклонение святыни. Богоборцы идут на откровенный подлог: специальная комиссия признает здание церкви аварийным и запрещает проводить в нем какие-либо богослужения. Сроки для устранения выявленных «недостатков» были установлены заведомо невыполнимыми. В 1938 году были сняты колокола.
Верующие боролись изо всех сил. Они даже дважды писали в высший орган власти СССР – ВЦИК, лично его председателю М.И.Калинину. Местные власти, желая «подстраховаться», инициировала собрания членов окрестных колхозов, на которых были приняты решения ходатайствовать о закрытии церкви. Центральная власть переложила ответственность в решении вопроса на Ивановский областной совет, который своим решением от 29 февраля 1940 года постановил расторгнуть договор с религиозной общиной верующих, храм, «…как молитвенное здание ликвидировать и передать Ильинскому райсовету» с разрешением разобрать.
Попытки слома церкви начали предприниматься немедленно. Появилась реальная угроза уничтожения Животворящего Креста Господня. И тогда верующие Никольского погоста решают перенести святыню в ближайший неразоренный храм, чтобы сохранить здесь Крест на время, пока не возведут часовню на месте его явления, куда можно будет вновь поставить святыню без риска для ее сохранности. Так Животворящий Крест оказался в церкви святителя Иоанна Златоуста села Годеново, где находится и поныне. Сохранились документальные данные о том, что к перенесенной святыне сразу же потянулись люди, большую часть из них составляли прихожане разоренного Никольского погоста. Но были и жители окрестных деревень.
Советская власть не могла смириться с продолжившимся поклонением Животворящему Кресту. Священник церкви святителя Иоанна Златоуста села Годеново Николай Введенский, священник Алексей Прозоров, участвовавший в перенесении Креста, и еще несколько человек были арестованы (а позже осуждены) за антисоветскую пропаганду. Именно из материалов следственного дела и стенограммы судебного заседания известны подробности перемещения святыни, а также планах верующих Никольского погоста лишь временно расстаться с Животворящим Крестом. Начавшаяся Великая Отечественная война не позволила этим планам осуществиться.
В дальнейшем на святом месте располагался детский дом. Надо отдать должное одному из его директоров – Борису Викторовичу Беляевскому, который, по воспоминаниям одной из воспитанниц учреждения – Алевтины Ивановны Бабариной (Кузнецовой) – относился к закрытому храму и его убранству с должным почтением, чему научил и детей. В начале 1960-х годов, уже после того как детский дом был переведен в другое место, здание церкви начали разбирать для хозяйственных нужд. К середине 1970-х годов остались лишь нижние ярусы колокольни и руины северного придела.